根据中央建设创新型国家的总体战略目标和国家中长期科技发展规划纲要，结合科技布局调整的要求，围绕深圳市实施创新型城市战略，2006年2月，深圳市人民政府及香港中文大学友好协商，在深圳市共同建立中国科学院深圳先进技术研究院，实行理事会管理，探索体制机制创新。
中国科学院深圳先进技术研究院实行理事会制度，由中科院和深圳市政府各委派3人组成，实行双组长制，其主要职责是确定年度建设计划。
