中国科学院深圳先进技术研究院由中国科学院、深圳市人民政府及香港中文大学于2006年2月共同建立，实行理事会管理，探索体制机制创新；瞄准国际一流工研院，致力于建设与国际学术接轨、与粤港澳大湾区业接轨的新型科研机构，定位为提升粤港澳大湾区制造业、健康产业和现代服务业的自主创新能力，推动自主知识产权新工业建立，率先建成国际一流科研机构。
中国科学院深圳先进技术研究院实行理事会制度，由中科院和深圳市政府各委派3人组成，实行双组长制，其主要职责是确定年度建设计划。
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