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深圳先进院袁曙光团队在国际GPCR-DOCK 大赛中斩获前三甲

时间:2022-04-15  来源:医药所 文本大小:【 |  | 】  【打印

  413-14日,第七届国际iHuman GPCR论坛线上召开,会上公布了全球GPCR-DOCK 2021大赛 结果,中国科学院深圳先进技术研究院医药所袁曙光学术团队及孵化公司在全球45个团队提交的近800个参赛预测模型中脱颖而出,斩获前三。 

  据了解,国际GPCR-DOCK大赛由著名结构生物学家Raymond C. Stevens等发起,旨在验证当今生物计算和AI方法能否正确预测出GPCR的三维结构折叠以及相关药物分子与GPCR的结合模式。 

  袁曙光团队针对5个重要的药物靶点G蛋白偶联受体蛋白(GPCR)的三维结构折叠及其药物分子结合模式进行了精准预测,靶标整体结构原子位置平均RMSDroot-mean-square deviation)与实验结构相比只有1.96的差别;而关键性的七次跨膜区域的原子位置平均RMSD与实验值相比只有1.29 差别。据大赛组织者之一美国UCSDIrina Kufareva教授介绍,本次大赛的5个靶点预测难易程度分别为:GPR139<NPY1R<APJ<NMUR2<kOR。袁曙光团队在kOR等靶点预测中斩获全球前三甲。相关预测不仅正确复现出GPCR折叠模型,并获得精准的药物分子结合模型。   

  G蛋白偶联受体蛋白(GPCR)是最重要的药物靶点,人体内总共有820多种不同的GPCR,与几乎所有的人类重大疾病均密切相关。近40%的上市药物都针对GPCR而开发。GPCR-Dock大赛距今总共举办过4次,分别在2008年、2010年、2013年以及2021年。大赛旨在验证当今生物计算和AI方法能否正确预测出GPCR的三维结构折叠以及相关药物分子与GPCR的结合模式,以为当今GPCR药物研发提供理论指导。 

  关于袁曙光团队 

  袁曙光主要从事计算生物学与计算机辅助药物设计。2014年,袁曙光创造性提出GPCRs的激活机制与连续水分子通路学说,并得到同行的广泛认可。此外,他所设计的两个 first-in-classGPCR药物分子顺利进入临床测试阶段,并且获批国际专利,目前,其中一个分子成功进入临床二期。2019年,袁曙光加入深圳先进院,聚焦利用生物计算和原创生物技术针对GPCR进行原创新药研发。 

 

第七届国际iHuman GPCR论坛 

 

团队预测的模型与实验模型叠合图,及大赛排名截图

 

根据大赛官方数据,团队预测结果与谷歌AlphaFold2 RosettaGPCR预测结果比较。(数值越低越精确)