高性能计算技术研究中心
　　高性能计算研究中心面向数字城市开展高性能算法研究、高吞吐率信息服务系统研究、海量信息处理算法研究、海量信息组织与管理方法研究。

可视计算研究中心
　　可视计算研究中心以计算机图形学和计算机视觉为学科基础，致力于大规模场景数据获取、高精度实体重建、复杂空间与海量信息可视化方面的研究。

实时监测与传输技术研究中心
　　实时监测与传输技术研究中心面向数字城市、数字工程与社会信息服务等领域，开展动态数据实时采集、高效无线通信和无线网络等方向的创新性研究工作。

空间信息计算与分析研究中心
　　空间信息计算与分析研究中心综合集成地理信息系统、遥感、空间分析、高性能计算、通讯等有关技术并开展数字城市相关的地球空间信息技术的理论、技术、软件、应用等方面的研究。实验室的主要研究领域包括GIS技术与应用、智能交通技术与应用、遥感技术与应用、GPS技术与应用等。

数字媒体计算研究中心
　　在数字城市范围内，研究并掌握基于海量数据的某些新应用所需的支撑技术，通过技术创新和成果转化，用高科技丰富群众的网络生活，帮助政府建立谐社会，在3C融合网络、平安城市、智能交通等领域支持并带动新的信息服务产业。

云计算研究中心
　　云计算研究中心面向互联网、移动互联网等重点领域和健康、交通等民生攸关重要应用方向，开展安全、可靠、高效、节能云计算核心关键技术研究和典型应用研究中心和对区域经济社会发展有显著贡献的产业辐射中心。

嵌入式软件系统研究室
　　嵌入式软件系统研究中心致力于开展基于模型的系统设计理论与分析方法的研究，构建基于高性能计算的嵌入式系统设计与分析平台，及其相应的高性能计算软件工具。　

工程与科学计算研究室
　　科学与工程计算研究中心致力于应用先进的专业计算理论,模型和技术, 结合先进的当代通用计算技术研发针对不同的物理问题专用算法和专用计算机程序。